医学遗传学数据库资源利用实例教程

本书从实际应用的角度、以具体案例的形式描述了利用NCBI、UCSC、CGAP、KEGG、HapMap等生物信息学数据库完成遗传信息检索、挖掘的常用方法。本书包含三部分内容。第一部分，基因信息检索篇，介绍如何查找基因的DNA、mRNA、cDNA、蛋白质序列，查找基因启动子、内含子、外显子和启动子CpG岛序列，查找目的基因位点、邻近的基因、对应的BAC克隆和标签SNPs，查找序列标签位点已经公布的引物序列。第二部分，基因功能挖掘篇，介绍如何利用CGAP数据库筛选肿瘤关联基因、进行肿瘤基因表达的系列分析，利用GEO数据库挖掘差异表达基因，利用KEGG查找代谢途径、涉及的酶、酶作用的化合物以及同源基因，此外还介绍如何挖掘基因的相互作用基因以及对基因集进行富集分析。第三部分，常见生物信息学方法应用篇，介绍PubMed文献检索方法，如何进行核酸、蛋白质的序列比对，以及利用Primer Premier 5.0和Oligo6.0等工具完成引物设计。全书包括23个应用案例，每个案例均给出了检索、挖掘的目标和具体操作过程，可供读者自行测练和学习使用。